Tras el ataque, el narrador lleva a su esposa a Leatherhead para permanecer con sus parientes hasta que los marcianos estén muertos; al regresar a casa, él ve por primera vez lo que los marcianos han estado construyendo: un enorme trípode, una "máquina guerrera", gigantescos trípodes andantes metálicos de 30 metros de alto, coronados por una "capucha" de latón de la cual cuelgan tentáculos metálicos. Miraban alrededor por medio de una placa de vidrio en la capucha y en la parte de atrás llevaban una cesta gigante de metal blanco, en la que capturaban humanos. Las máquinas guerreras aplastan las unidades que el ejército británico coloca ahora en todos los cráteres y atacan a las comunidades circundantes. Al llegar a su casa el narrador conoce a un artillero, que le dice que otro cilindro ha aterrizado entre Woking y Leatherhead, separando al narrador de su esposa. Los dos hombres intentan escapar juntos, pero al llegar al río Támesis se ven máquinas guerreras en el horizonte y empiezan a destruir el pueblo con el rayo calórico. Las baterías inglesas empiezan a atacar y una granada explota en la capucha de una máquina guerrera. El robot se tambalea, se tropieza con la iglesia de Shepperton y cae en el río produciendo una gran explosión. Al caer el generador del rayo calórico en el agua provoca una gigantesca ola que mata mucha gente. El narrador por poco muere ahogado. Al salir del agua es casi aplastado por la pata de una máquina guerrera. El narrador conoce a un cura, y al escapar junto a él observan a los marcianos utilizar una nueva arma, el humo negro.
Más cilindros caen en todo el campo inglés y comienza una gran y frenética evacuación masiva de Londres, gigantesca y desordenada, sin rumbo alguno. Entre las multitudes que huyen está el hermano del narrador, el cual ayuda a dos señoras a librarse de unos ladrones que querían quitarles su carruaje. El hermano recibe una tremenda paliza y sólo se salvan porque la señora Elphinstone (una de las señoras) tenía escondido un revólver bajo el asiento. Después, ellos tres logran subir a un barco, y cruzar el Canal de la Mancha mientras un barco de guerra, el H. M. S. Thunder Child trata de proteger valientemente a los demás barcos y lucha con las máquinas guerreras, que se adentran en el agua y al final vuelan en pedazos junto con el Thunder Child.
El narrador y el cura son atrapados en medio de una casa destruida, con vista al cráter de uno de los últimos lugares de aterrizaje marciano. Él es testigo encubierto de las acciones de los marcianos, incluida su utilización de los seres humanos capturados como suministro de alimentos a través de la transfusión directa de sangre. Él se oculta junto con el cura, que ha sido traumatizado por los eventos, y se comporta como un demente. Fruto de su locura el cura comienza a gritar. Aterrado de que sean escuchados, el narrador golpea al cura y lo deja inconsciente. El cuerpo del cura es descubierto por los marcianos y arrastrado lejos. La máquina marciana captura al cura y el narrador apenas puede evitar la misma suerte. Los marcianos finalmente abandonan su campamento. El narrador entonces viaja a una Londres desierta, pero en el camino se encuentra nuevamente con el Artillero. Éste ha planeado que la humanidad comience a vivir bajo tierra, en las cloacas de Inglaterra, con el fin de poner resistencia a los marcianos. Al llegar, descubre que tanto la hierba roja y los marcianos han sucumbido abruptamente a las bacterias terrestres, a las que no tienen inmunidad. El narrador regresa a Woking y se reúne inesperadamente con su esposa, y, junto con el resto de la humanidad, se establece para hacer frente a las nuevas y más amplias vistas del universo que la invasión ha hecho caer sobre ellos.
